En ArcMap también puedes hacer que el fondo de las capas
raster sea transparente en aquellas que tengan un color de fondo bien separado del resto (algunas imágenes de peor calidad pueden tener fondos con mucho pixelado de diferentes tonos de blanco y gris y en ésas será muy difícil hacer lo que pretendes).
Abre las propiedades de las capas que solapan y en la pestaña de simbología, dependiendo del método de clasificación que estés usando, tendrás opciones para hacer lo que pretendes. Por ejemplo, en la captura que adjunto a continuación, como el color blanco (valor = 1) es el fondo de mis capas, marco la casilla de que muestre el color de fondo que indico (valor = 1) como transparente (sin color):
Esto lo puedes hacer capa a capa, si no tienes muchas, o considerar hacer un mosaico si tienes muchas y aplicar la operación explicada al mosaico.
En cuanto a tu otra pregunta, habría que ver cómo has elaborado la capa que tiene el borde rosa y relleno rallado, porque parece ser que cubre todo el mapa menos una parte interior que parece que es la que te interesa. A lo mejor la has obtenido haciendo una diferencia de capas. En cualquier caso, sin disponer de las capas no podría decirte nada más. Puedes colgar las capas que te dan problemas para que les echemos un vistazo y podamos darte más pistas.
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