No se me ocurre que haya una manera más o menos automática de hacer lo que pretendes. Los centroides se hacen en base a la capa de polígonos y no se me ocurre cómo hacer que se quite importancia a puntos más alejados de la mayoría dentro de cada polígono que has disuelto (de una forma automática).
De una manera manual, si no tienes muchos puntos, sería quitar esos puntos que dices que están como más alejados de la mayoría dentro de cada polígono disuelto, y volver a calcular los
buffers (para una nueva capa de puntos que ya no incluye esos "outliers") y disolverlos. Ahora sería pasar a hacer el centroide de esos nuevos polígonos (que tendrán otras formas, al haber quitado puntos). Sus centroides estarán más próximos a la agrupación de puntos más cercanos en cada polígono.
CULEBRAS GIS