ArcGIS es un programa relativamente pesado, y la primera carga del mismo suele ser más lenta. Puede ser que tu ordenador vaya escaso de recursos y cuando ejecutas ArcGIS luego inicias alguna herramienta demasiado rápido y por eso no va fina hasta pasado un rato.
De cualquier modo, no es un comportamiento muy normal, pero sin disponer de más pistas (versión de ArcGIS, recursos de tu ordenador: memoria, procesador..., sistema operativo que usas, etc.) no sabría muy bien señalar más concretamente el origen de esa funcionalidad un tanto deficiente.
Yo uso ArcGIS 10 SP5 sobre un portátil con un procesador i5 y una RAM de 4GB y la primera carga del ArcGIS suele llevar unos 40-60 segundos. Luego funciona sin problemas. Si cierro el programa y lo vuelvo a abrir, ya el tiempo de carga se reduce mucho, arranca en unos 10 segundos, pero ese se debe a que el sistema operativo tiene una especie de caché donde quedan las aplicaciones recientemente ejecutadas para acelerar el proceso de volver a cargarlas.
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