No sé exactamente cómo serán tus capas en formato
raster, a lo mejor sólo es necesario georreferenciarlas o asignarles una proyección adecuada.
Si pudieras colgarnos un archivo comprimido con al menos un par de tus capas para que pudiera echarle un vistazo y hacer alguna prueba con ellas a lo mejor podría aportar alguna idea más.
Si realmente tus imágenes de satélite están sin ortorrectificar... eso es un proceso algo más complejo que se hace por ejemplo con el siguiente software:
ERDAS LPS-ORIMA.
CULEBRAS GIS