No sé con qué versión de ArcGIS estás trabajando, pero la ruta que has apuntado suele ser la carpeta temporal donde se crea todo lo que tiene que ver con pasos intermedios, o sea, el caché de ArcGIS (archivos que suelen borrarse solos y no se acumulan y, de todos modos, esa carpeta es la que se limpia cuando se ejecuta el liberador de espacio de Windows).
Para las capas finales de salida de alguna operación de ArcGIS, normalmente, si no especificas tú la ruta donde las quieres guardar, te saldrá una carpeta por defecto, que depende un poco de con qué versión estés trabajando. En ArcGIS 10, por ejemplo, la ruta por defecto suele ser del tipo: C:\Usuarios\Tu_cuenta\Mis documentos\ArcGIS\Default.gdb, y lo que se cree como paso final de una operación sí que se mantiene ahí a no ser que lo borres tú.
De cualquier manera, yo lo que suelo hacer cuando estoy con algo que requiere muchos pasos intermedios para llegar a un resultado final, es que todas esas pruebas las voy creando en una misma carpeta siempre, que llamo "temporal" en mi directorio de trabajo, y lo que finalmente me sirve, lo paso a su lugar correspondiente. Con el tiempo, de vez en cuando hago limpieza de esa carpeta "temporal". No muy a menudo, porque a veces puede ser útil rebuscar en esa carpeta de basurilla para buscar algo que se pueda reutilizar.
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