No entiendo muy bien a qué te refieres, si a acercar o alejar la vista de tus capas o a que las capas te aparecen todas planas y superpuestas.
En ArcScene a las capas se les puede asignar una fuente para los valores de altitud, de manera que representen el relieve. Además se le puede dar un factor de exageración del mismo.
Si pudieras aportar alguna captura de pantalla con lo que estás tratando de hacer, o las capas que estás usando o alguna otra información o aclaración, sería de ayuda.
CULEBRAS GIS