Hola, al leer el problema que describes mi primera idea fue pensar en el formato de idioma y configuración regional que tienes en tu sistema operativo, por el tema de las comas y puntos en los números decimales, que son motivo de quebraderos de cabeza en muchas ocasiones.
Para comprobar mi sospecha, he probado a crear una transformación con los valores que planteas, pero introduciendo los dos primeros usando el punto como separador decimal (pues tengo configurado en mi sistema que el punto sea para los decimales) y utilizando la coma como separador decimal para el tercero de tus valores.
Como puedes comprobar en la captura de pantalla, cuando he usado la coma (en el tercer valor) ArcGIS en lugar de avisarme de que no era el separador válido para un decimal y obligarme a volver a introducirlo con punto, simplemente me ha obviado los decimales, como te está pasando a ti. Así que prueba simplemente a cambiar el punto por la coma a la hora de introducir tus valores, pues en tu caso parece que tu sistema operativo está configurado para que la coma sea el separador decimal, motivo por el cual te está obviando los decimales cuando los introduces usando el punto.
CULEBRAS GIS