Lo que pretendes hacer lo conseguirás de una manera más sencilla con otra herramienta del
ArcToolbox de ArcGIS. Se trata de
Extract by Mask:
El "Input raster" es la imagen que quieres recortar, el "mask data" es tu archivo
shapefile por el cual deseas recortar y el "Output raster" es el destino de salida de tu
raster recortado.
CULEBRAS GIS