¿Cómo has convertido los archivos de AutoCAD a SHP? ¿Estaban esos DWG previamente georreferenciados? Porque si no es así, al cargarlos en ArcGIS, aunque les asignes la misma proyección que los demás SHP del proyecto, no te van a salir en su lugar correcto.
Si pudieras adjuntar los SHP que te dan problemas junto con los SHP de base que tienes en tu proyecto para compararlo y ver dónde está el problema, sería de gran ayuda.
Puedes adjuntar archivos en el foro o utilizar algún sistema como Google Drive o DropBox en el que subir un archivo ZIP que contenga todo lo necesario.
CULEBRAS GIS