Lo cierto es que no termino de entender muy bien lo que te ocurre ni a qué te refieres con reconstruir polígonos. En cualquier caso, he estado haciendo pruebas de edición con capas de polígonos en ArcGIS 10 y no me ha dado esos problemas. Te paso las capturas de mis parámetros en las ventanas de opciones de edición y
snapping, ya que creo que pueden ir por ahí los tiros. No estás con la misma versión que yo, pero las opciones deben ser muy similares. Comprueba si algo en tu configuración difiere mucho de las capturas siguientes:
CULEBRAS GIS