He descargado un DEM de la web de Aster y he probado a realizarle operaciones como las que describes y no me da problemas. Lo que se genera toma la misma referencia espacial del DEM de partida. Asegúrate de que tu proyecto de ArcGIS también está definido en esa misma referencia espacial.
Por otra parte, para temas de hidrología en ArcGIS quizás te interese usar las
AcrHydro Tools, en lugar de Hydrology. Se discutió algo al respecto
en este tema del foro.
Sobre los DEM de Aster también se habló algo
en este tema del foro.
CULEBRAS GIS