Cuando personalizas y haces cambios en el ArcToolbox de ArcGIS, como añadir tus propias cajas de herramientas, si no guardas esos cambios, al cerrar y abrir de nuevo perderás lo personalizado.
Esos cambios los puedes guardar a un archivo de configuración o incluso salvarlos a las opciones por defecto. Prueba a hacer lo que se muestra en la siguiente captura:
CULEBRAS GIS