Si tiene parte de mar no es incorrecto que el MDT tenga valores negativos por debajo del nivel del mar. Otra cuestión es que tengas celdas con valores extraños como -8888.
Con la calculadora
raster puedes usar una expresión para hacer que esos valores extraños valgan por ejemplo cero o tengan valor nulo. Echa un vistazo a este
enlace.
CULEBRAS GIS